lauantai 27. lokakuuta 2012

Zombi-erikoisuus: Mönkijäiset - Zombie Special: Creepers

(FIN) On taas se aika vuodesta, kun kaikkialla pimenee ja haamujengit valtaavat kadut - ainakin rapakon takana. En vastusta Halloweenin juhlimista - varsinkaan silloin, kun ihmiset järjestävät naamiaisia eivätkä kaikki saavu paikalle zombina tai vampyyrinä. Vastustan kuitenkin kaiken kaupallisen ja toiseen kulttuuriin kuuluvan nielemistä pureskelematta. Olin lievästi järkyttynyt, mutta en kuitenkaan omaksi harmiksenikaan kovin yllättynyt, kun pari vuotta sitten luin, että jotkut Westendissä lähettivät lapsensa karkki tai keppostelemaan. Se ei minusta kuulu tänne ja siksi, jos kenenkään kakarat koskaan ikinä tulevat minun ovelleni, he saavat vastaansa minun kepposeni. En ole täysin sidottu perheeni Pyhäinpäivän perinteisiin, mutta täällä virvotaan pääsiäisenä ja sitä pakanaperinnettä saa puolestani suorittaa niin paljon kuin haluaa.

Mutta asiaan. Mietin jo Ropeconin jälkeen pitäisikö minun ottaa kantaa niin sanottuihin raivozombeihin eli täysin raivon vallassa riehuviin (ja useimmiten kai vielä eläviin) olentoihin. En ilmeisesti tehnyt riittävän selväksi esityksessäni enkä ehkä ole vielä tehnyt niin blogissanikaan (varsinkin kun olen laiskotellut yleis-zombikirjoituksen kanssa...), että minun määritelmääni zombeista kuuluvat vain kuolleet zombit. Halloweenin kunniaksi sanon nyt kuitenkin jotain näistä epämääräisistä mönkijöistä.

Raivoavan henkilön tapauksessa ei tietenkään tarvitse ajatella, mitä ruumis pystyisi tekemään kuoleman jälkeen. Kuitenkin heti on suljettavissa pois (arkit jotka ei edelleen tee mitään ja) bakteerit. Loiset voivat vaikuttaa käytökseen, joten ameebat ja loissienet jäävät listalle. Viruksetkin nyt vielä hetkeksi, koska ovat soluloisia. Viruksen aiheuttama raivotauti (rabies, vesikauhu) ei ole aivan nimensä mukainen. Oireina on toki listattu raivonpuuskat, mutta ne eivät ole jatkuvia. Raivozombit taas ovat samassa mielentilassa jatkuvasti. Prionit ovat liian hitaita tähän hommaan.

Jos raivozombiuden aiheuttaisi jokin edellä mainituista patogeeneista, leviäisi se niiden tapaan sangen hitaasti. Jos haluat saada aikaan kunnollisen paniikin ja kouriintuntuvia tuloksia, iske kemikaalilla! Se ei välttämättä leviä ihmisestä toiseen puraisussa tai veren kautta, mutta leviää kivasti ilmassa. Varsinkin kaupungeissa kemikaalilla saa nopeasti aikaan paljon, sillä ihmisiä on tiiviisti ja ilma ei vaihdu samaa tahtia kuin Pohjanmaan pelloilla. Nopein koskaan näkemäni zombiuden tai muun leviäminen tapahtuu elokuvassa 28 päivää myöhemmin, ja jos siinä leffassa olisi perusteltu kaiken takana olevan jokin kemikaali, olisin uskonut sen. Mikä tahansa muu patogeeni - ei ikinä (ja onko joku muukin saanut tarpeekseen siitä, että tyypit heräilee sairaaloista?).

Tässä vastaus teille, jotka haluatte zombinne tuoreen elävinä. Hauskat haamuhipat teille ja suosittelen ensi lauantaina iltakävelyä hautausmaan ohi - tosin joulun kynttilä-tähtitaivasta ei ihan niin helposti voiteta.

(ENG) It is again the time of darkness and ghostly gangs on streets. I don't object that people celebrate Halloween here even though it's not part of our tradition and culture - especially when you stumble across a fine costume party with more dresses than just the usual zombies and vampires. However, I do object that so many seem to take it all as it comes without any thought for the consequences to our own traditions. I was slightly shocked a couple of years ago when I read in a to-the-editor section of a local paper that some folks at Westend (a snobbish part of the city of Espoo) sent their kids trick or treating. Well, excuse me, but around here people go begging for candy during Easter dressed as witches (and apparently as students of Hogwarts since the whole Harry Potter thing exploded) and that's a fine pagan tradition, go for it! But if any kids ever come on my door trick or treating, they'll get a handful of my tricks up their - well, let them find out. I'm not completely confined in my family's tradition for All Hallows' Eve, but I rather have the witches, thank you.

My mission today is to say something that has been slightly bothering me since Ropecon. It felt like I hadn't made it clear enough that my definition of zombies only applies to the dead - and it may also be the case with my blog. It seemed that people were curious to hear my opinion on the rage-zombies which in most cases are still living people. And since my general post on zombies is so very, very late (shame on lazy me...), here's a Halloween treat: something about them rage-filled creepers.

When we consider a person who is full of rage, we can leave out details what the body could do after death. However, that leaves out (archaea since they don't do anything anyway and) bacteria. Parasites can affect the behaviour so that leaves us with ameoba-like (mostly) unicellular organisms and parasitic fungi, and yes, let's keep viruses with us for a bit longer since they are parasites of the cells. Rabies is caused by a virus but doesn't necessarily make people all that rabid. Yes, rabid behaviour is one of the symptoms along with foaming mouth but the rage isn't constant unlike it is usually with rage-zombies. Prions are just too slow for this type of thing.

If rage-zombism was caused by one of the pathogens above, it would spread quite slowly. If you want a real panic and hard-core results, throw in some chemicals! Chemicals may not spread from one person to another via bite or blood but it is easy to spray in the air. Chemicals are especially handy in big cities where population density is high and air doesn't move around as much as in the open fields. The fastest ever zombification or similar process that I've witnessed is in 28 days later. If they had ever even suggested that it's a chemical and not some other type of pathogen, I'd have been happy. But nooooo. No. Bad movie, no biscuit (also, is anyone else getting a bit tired ot these guys waking up in hospitals?).

There you have it, fresh living zombie fans. Have a happy, scary Halloween! And in case your culture and traditions are close to mine, take a walk across a graveyard next Saturday. The sparkling candle-lit wastness doesn't quite measure up with Christmas Eve but it's still a pretty sight.

maanantai 6. elokuuta 2012

Ropecon 2012


(FIN) Suuri kiitos kaikille, jotka olivat Ropeconissa kuuntelemassa eaitelmääni "Science killed the zombies" ja myös hienon otsikkoni tehneelle ystävälleni Kiwii (@ deviantart), koska olen itse melko surkea minkäänlaisen grafiikan kanssa. Tajusin vasta pari päivää ennen esitystäni, että aiheeni on erittäin tiedepainotteinen ja enintään pintaraapaisu koko aiheeseen 45 minuutissa. Pahoitteluni kaikille, joista tuntui, että juttu liikkui vähän eri sfääreissä kuin mitä ehkä olisi odotettavaa fanitapahtumassa. Oma alkuperäinen pelkoni siitä, että aiheeni ei välttämättä sovi hyvin vuoden teemaan, osoittautui turhaksi. Minulla oli yllättävän hauskaa esiintyä ja tekisin saman uudelleen - jos en nyt ihan mikä päivä tahansa, niin ainakin kerran vuodessa. Tämä ei ollut ensimmäinen kerta, kun haastoin itseni tekemään jotain epätavallista tai muuten jollain tavalla oman luontoni vastaista, mutta loppu hyvin, kaikki hyvin. Kukaan ei edes pyörtynyt täyteen ahdetussa Klondyke-salissa :)

Painavin itselleni mieleen jäänyt ajatus (itsekritiikki pois lukien, hyi pientä perfektionistia pääni sisällä) oli se, että minun täytyy päivittää ja monpuolistaa myös jo tekemiäni zombikirjoituksia, koska ne eivät ole täysin itseään selittäviä ja kaipaavat ehdottomasti lisää esimerkkejä. Listaan tähän pari kirjaa, joiden voisi ajatella olevan ainakin osittain esitelmäni ja blogin taustalla, vaikken ole itse teoksiin koskenut välttämättä vuosiin. 
Ensimmäisenä suomenkielinen Solubiologia (Jyrki Heino & Matti Vuento), WSOY. Oma kappaleeni on 2. painos vuodelta 2004, mutta oletan, että tuoreempikin on saatavilla. Kirjasta tekee mukavan se, että se on harvoja suomenkielisiä teoksia omalta alaltaan ja hyvä ja helppolukuinen. Toisena laajempi biokemian teos Lehninger Principles of Biochemistry (David L. Nelson & Michael M. Cox), W.H. Freeman and Company. Omani 4. painos vuodelta 2005. Yleisiä ja kattavia biokemian teoksia on useita eikä perustiedoissa ole eroa, mutta esitystapa voi vaihdella ja kuulemani mukaan Lehninger sisältää (monia muita teoksia) enemmän lääketieteellisiä esimerkkejä. Tästäkin kirjasta on erittäin todennäköisesti tuoreempi painos olemassa. Viimeisenä mainitsen tällä kertaa mikrobiologian yleisteoksen, josta tulee parin vuoden välein päivitetty painos ja jota itse olen opinnoissani kahlannut läpi useaan kertaan, Brock Biology of Microorganisms (Michael T. Madigan, John M. Martinko, Paul V. Dunlap & David P. Clark), Pearson Benjamin Cummings. Itselläni on kaksi painosta, joista tuoreempi on 12. Ainakin 13. painos on kuitenkin varmasti ilmestynyt. Yleisiä ja kapea-alaisempia mikrobiologian teoksia on saatavilla useita, mutta Brock on käytössä Suomessa yliopistotason opetuksessa (mm. pääaineopiskelijoilla Helsingin yliopistossa kandin kirjatenttikirjana). Suomenkielinen mikrobiologinen kirja on olemassa, mutta sitä ei ole päivitetty vuosikausiin, joten en suosittele sitä luettavaksi (koonnut Mirja Salkinoja-Salonen).

(ENG) Thank you so much to everyone who were at Ropecon listening to my presentation "Science killed the zombies" and a huge thanks goes also to my friend Kiwii (@ devinatart) who made the awesome heading for me since I pretty much suck at anything that has to do with graphics. I realized just a few days before my show time that my topic is extremely scientific and a mere scratch at the best on the vast subject. I apologize to all who felt I spoke about things from another realm or just that the whole thing was out of place in a convention. Originally I feared that my topic might not fit in with the theme for this year but it turned out to be just fine. I was surprised how fun it was after all the stress and (last minute) preparations and I'd do it again - not necessarily any day, but easily at least once a year. After all, this was not the first time I challenge myself out of my comfortzone to do something not quite in my character - all's well that ends well. No one fainted in the full Klondyke room :)

The clearest thought that I had after my presentation (besides the self critisism that the bad little perfectionist in my head provided) was that I have to edit my previous zombie posts to make them more understandable and to provide more actual examples. I list here two books that could be considered in part to have been references for my presentaiton.
A good book for biochemistry is Lehninger Principles of Biochemistry (David L. Nelson & Michael M. Cox), W.H. Freeman and Company. I own a copy of 4th edition (2005). I've heard that Lehninger also has more medical examples than most other biochemistry books. Having not read others, i take their word for it. A general book for microbiology is for example Brock Biology of Microorganisms (Michael T. Madigan, John M. Martinko, Paul V. Dunlap & David P. Clark), Pearson Benjamin Cummings. I own both the 10th and 12th edition and I know 13th is out for sure. New edition of Brock comes out every other or every third year and that is good, because in this field a lot of new information is acquired every year. It is also the book that is used in university level studies in Finland (for example, it is the book for bachelor's book exam in Helsinki University for microbiology majors).


torstai 26. heinäkuuta 2012

Tiede tappoi zombit 4: Prionit / Science killed zombies 4: Prions

Nightwish - Sleeping Sun

(FIN) Olen itse sitä mieltä, että kaikista tunnetuista patogeeneista todennäköisin zombismin aiheuttaja olisi prioni. Prionit ovat proteiinirakenteita, jotka ovat laskostuneet väärin kolmiulotteiseen muotoon (suomenkielinen wiki on aiheen suhteen suppea ja peräti epätarkka, joten suosittelen enemmän englanninkielistä). Niistä tiedetään vielä suhteellisen vähän, koska niiden tutkiminen on hankalaa. Sairauden edetessä aivot rappeutuvat eikä siihen ole onnistuttu vielä kehittämään yhtään toimivaa lääkettä, joten se on aina tappava. Diagnoosi tehdään kuolleen henkilön aivoista.
Prionit ovat "väärän" muotonsa lisäksi kestäviä eivätkä tuhoudu helposti elimistössä tai sen ulkopuolella. Normaalisti solut itse tuhoavat väärin laskostuneet proteiininsa ja näin saattaa käydä yksittäiselle prioniproteiinille heti sen laskostumisen jälkeen, mutta jos prionimuotoisia proteiineja tuoteaan jatkuvasti tai niiden tuhoaminen on jostain syystä häiriintynyt tai niitä tulee elimistön ulkopuolelta ravinnon mukana, voivat ne päästä valloilleen.
Eikö olekin osuvaa, että prionit vaikuttavat suoraan aivokudokseen, kun zombit perinteisesti hamuavat aivoja? Prioneja liikkuu jonkin verran ympäri kehoa ja zombissa ne voisivat edelleen muuttaa jäljellä olevat proteiinit prionimuotoon, koska prionin "lisääntyminen" ei edellytä minkään rakenteen monistamista. Tällöin prionien määrä voisi kasvaa todella suureksi - paljon suuremmaksi kuin isäntäsolua monsitumiseen tarvitsevilla viruksilla - ja zombin puremasta välittyisi uhrin verenkiertoon aimo annos ilkimyksiä.
Mikä sitten estäisi tämänkin maailmanlopun? Prionien hitaus. Prionisairaus ei aiheuta oireita kuukausiin tai jopa vuosikymmeniin, vaan kytee elimistön sisällä. Oireiden ilmaannuttua prioni on jo yleensä ehtinyt tuhota kudosta eikä elinaikaa ole paljoa jäljellä. Vaikka zombiprionit pystyisivät salakavalasti lisääntymään ulkoisesti terveenoloisissa ihmisissä, siihen menisi helposti vuosia. Toki tämä "itämisaika" lyhentyisi sen mukaan miten suuren määrän puremasta tai muusta lähteestä uhri saisi prioneja elimistöönsä. Puremasta tartunnan saaneet henkilöt olisi kuitenkin helppo tunnistaa ja eristää eikä zombeja ehtisi muodostua massoiksi asti. Alueet, joissa olisi esiintynyt zombiprionia voitaisiin eristää, jottei kukaan vahingossa menisi syömään sieltä multaa tai muuta paremmin ravinnoksi kelpaavaa, mssä prionit saattaisivat säilyä ja levitä.

(ENG) Personally I think that the most likely pathogen to cause zombism is a prion. Prions are protein structures with incorrect three-dimensional folding. Relatively little is known about prions to date mostly because studying them is quite tricky. They degrade the brain tissue and as there is no known medication for the disease, infection is always fatal. Diagnosis is confirmed by sampling the brain after death.
In addition to their "wrong" structure, prions are resistant to degradation inside and outside of the body. Under normal conditions, cells destroy proteins that aren't folded correctly and this can save you from one single prion molecule. However, if a cell produces many prion molecules or the degradation of incorrectly folded proteins is disturbed somehow or there's an intake of prions from outside the body in food, prions may take over.
Wouldn't it be fitting that zombies crave for brains when prions destroy them? Some prions move around the body in bloodstream and could keep changing all the similar proteins into prion form even after death since now synthesis of new molecules is required. Then even after death the number of prions in the body would increase - opposed to viruses that need living cells as their hosts - and through a zombie bite a significant number of prions could be transferred into the victim.
Why wouldn't the world end? Prions are slow. A person infected with a prion is symptom free from months up to decades while the prion is doing its evil deeds. They silently multiply in the body and when we finally show some symptoms, we don't have much time left and there's already significant tissue damage. So even if zombieprion existed, it'd take years before there were enough of them to make one person into a zombie let alone cause an epidemic. Certainly the incubation period for such prion would be shorter if a great number of prion proteins were transferred to the victim in a bite. However, bite victims would be easy to identify and isolate from uninfected people and there would never be hordes of zombies. Also the areas where the zombieprion has been found could be isolated to ensure that no idiot eats the dirt or any other material there that might hold the prion.

keskiviikko 25. heinäkuuta 2012

Tiede tappoi zombit 3: virukset / Science killed zombies 3: viruses

Musiikkina tänään / Today's selected music: Linkin Park - Crawling 

(FIN) Virukset ovat mediaseksikkäitä ja mystisiä - ainakin muiden mielestä. Itse olen jo pitkään ihmetellyt, miten viruksista jaksetaan aina tehdä kaiken pahan alku ja juuri - niitä on esitetty mm. vampyyrien, zombien ja muuten vaan ihmiset hulluksi tekevien "tautien" aiheuttajaksi elokuvissa. Mitä niin hienoa on proteiinikapseliin suljetussa DNA- tai RNA-pätkässä, jossa on pari hassua geeniä ja ehkä seurana entsyymi tai pari? Toki ne ovat jotain elävän ja elottoman väliltä, mutta se on myös niiden suuri heikkous. Ilman sopivaa isäntäsolua virus ei voi monistaa itseään. Toisaalta viruksia on vaikeampi havaita ympäristöstä, mikä tarjoaisi niille paremmat mahdollisuudet päästä leviämään huomaamatta.
Virukset leviävät kuten bakteeritkin ja voisivat siksi tehokkaasti aiheuttaa zombismia. Virusten etuna bakteereihin verrattuna on niiden paljon pienempi koko, jolloin ne voivat levitä bakteereja pienemmissä kosteuspisaroissa ja joskus jopa pelkän ilman välityksellä. Jokaisella hengenvedolla keuhkoihimme kulkeutuu satoja tai tuhansia viruksia. Emme kuitenkaan sairasta jatkuvasti, mikä johtuu toimivan immuunipuolustuksen lisäksi siitä, että vain hyvin pieni osa ilmassa liikkuvista viruksista on ihmisten tai edes muiden eläinten viruksia. Suurin virusryhmä ovat bakteriofagit eli faagit, joiden isäntäsoluina toimivat bakteerit.
Virukset tarvitsevat bakteerien tapaan aikaa monistua, joten puremasta zombiksi muuttumiseen kuluisi edelleen vähintään pari päivää. Se voisi toisaalta olla myös toimiva kauhuelementti: pari päivää aikaisemmin kuollut henkilö herää zombina, kun kaikki ehtivät jo olettaa, ettei niin kävisi, koska se ei tapahtunut heti kuoleman jälkeen. On kuitenkin kyseenalaista kykenisikö virus enää monistumaan, kun isäntäsolut ovat jo kuolleet. 
Jotkin vatsatautivirukset aiheuttavat taudin todella nopeasti (jopa tunneissa), mutta silloin kyseinen henkilö on yleensä saanut erittäin suuren annoksen viruksia saastuneesta ravinnosta. Toisaalta joidenkin virusten infektiivinen annos on vain muutamia viruksia, mikä tekee niiden välttämisestä vaikeaa epidemian sattuessa. 
Jos virus olisi pahin mahdollinen - pieni infektiivinen annos, lyhyt inkubaatioaika ja leviäisi ilmateitse - olisimme kaikki heti kusessa. Toisaalta leviäminen saattaisi olla niin nopeaa, että epidemian kohteeksi joutunut alue tuhoutuisi nopeasti eikä virus ehtisi levitä kauemmas (ja joku fiksu heittäisi päälle vähän napalmia ja homma olisi hoidettu).
Viruksilta puuttuu eläville soluille ominaiset DNA:ta korjaavat entsyymit, jotka estävät mutaatioiden säilymistä perimässä. Lisäksi genomiin integroituvat virusgenomit voivat irrotessaan napata mukaansa pätkän isäntäsolun DNA:ta ja siten mutatoitua. Mistään massiivisista geenien siirrosta ei kuitenkaan ole kyse, sillä DNA:n on edelleen mahduttava samaan viruskapsidiin kuin alkuperäinen virus. Samalla virus voi menettää jonkin tärkeän osan omasta DNA:staan ja olla siten monistumiskyvytön. Mutaatiot ovat kuitenkin samanlaisia kuin missä tahansa DNA- tai RNA-pätkissä: useimmiten vain yhden emäksen muutoksia, jolloin niillä ei välttämättä ole mitään vaikutusta geeniin. Ihminen on myös kehittänyt joitain viruslääkkeitä, vaikka valikoima on paljon antibiootteja pienempi, joten emme ole täysin puolustuskyvyttömiä viruksia vastaan. On myös mahtavaa, että geenimuunneltuja viruksia kehitetään varsinkin syöpähoitoihin ja onpa niitä muokattu myös parantamaan aurinkopaneelien tehokkuutta.

(ENG) Viruses are sexy and mysterious - at least to some people. Personally I've been wondering for a while now why is virus always the evil thing - as proposed to be behind vampirism, zombism and illnesses that make people mad in many movies. What is so facinating about a DNA- or RNA-fragment consisting of a couple of genes coated in a protein capsule possibly accompanied by an enzyme or two? The fact that viruses are not living but not entirely lifeless either may be at least one reason for it, though it is also one of their greatest weaknesses. Without a right kind of host cell they simply cannot multiply. However, it makes it also more difficult to detect viruses in the environment and gives them an advantage compared to bacteria.
Viruses spread in ways similar to bacteria and could therefore efficiently cause zombism. Their advantage compared to bacteria is their much smaller size, which permits them to spread in far smaller moisture droplets and sometimes through air alone. Every breath we take brings hundreds or thousands of viruses in to our lungs. Still we aren't sick all the time which is in part thanks to our immune system and also largely because vast majority of viruses in the world are not human or even animal pathogens. The biggest group of viruses - the bacteriphages - infect solely bacteria.
Like bacteria, viruses need time to increase in numbers, so there would be no instant turning into zombies. This could also create moments of horror: a person who died a couple days earlier suddenly rises as a zombie when everyone had already assumed that such wouldn't occure since it didn't happen right after death. However, I doubt that the virus could multiply anymore after the host cells are dead.
Some viruses that cause stomach flu can cause the disease much faster (sometimes within hours), but in such cases the person has usually consumed a large number of viruses in spoiled food. There are also some viruses that have a very small infective dose - sometimes only a few viruses - which makes it difficult to avoid an infection during an epidemic. 
If the virus was the worst possible - small infective dose, short incubation period and airborne spreading - we'd all be screwed in an instant. However, in such a case, the spread of the virus could be so fast that the site of the epidemic would be completely lost and destroyed but the virus wouldn't have a chance to spread any further (and some smart person would order some napalm rain on that place).
Viruses lack the enzymes that living cells have for DNA repair. These enzymes fix small, one base pair mutation and preserve the sequence to its original state. Virusegenomes that are integrated to the host genome can also take pieces of the host DNA with them as they are cut out and can mutate like that. However, there's a strickt limit to how much of excess DNA can be incorporated in the virus capsid which doesn't grow in size and the virus may also lose some essential part of its genes in the process, which will produce virus particles incapable to infect host cells. Mutation that do occure are similar to those of any DNA-molecules - most often changes of a single base in the sequence and may not have any effect on the gene. Modern medicine has also invented some drugs against viruses even thought there aren't a many of them as are antibiotics. However, this gives us a little bit of defence against an outbreak. It is also amazing how scientist develop genetically modified viruses to cure different types of cancer and even to make solar panels more efficient.

tiistai 24. heinäkuuta 2012

Tiede tappoi zombit 2: Bakteerit / Science killed zombies 2: Bacteria

Normaalista kesästä nauttiessa / While enjoying a normal summer: Scooter - Dancing in the Moonlight

(FIN) Bakteerit ovat ikiaikainen riesa ja aiheuttavat useita vaarallisia ja hoitamattomina usein tappavia sairauksia, kuten tuberkuloosia, ruokamyrkytyksiä ja aivokalvontulehdusta. Monet bakteeritaudit leviävät helposti ja nopeasti pisaratartuntana, mikä tekee niiden ehkäisemisestä haasteellista - varsinkin, kun useimmat ihmiset eivät peitä suutaan yskiessään ja aivastellessaan. Bakteerit vaihtavat myös vilkkaasti geneettistä materiaalia keskenään sekä saman lajin solujen että muiden lajien kanssa, mikä mahdollistaa nopean mukautumisen muuttuvassa ympäristössä. Nopeuden ja tehokkaan leviämisen perusteella bakteerit olisivat mahdollinen aiheuttaja zombiudelle.
Vai olisivatko sittenkään? Bakteerit tarvitsevat aikaa lisääntyäkseen ja aiheuttaakseen massiivisen infektion. Toki zombin puremasta voisi saada aimo annoksen pöpöjä, mutta esimerkiksi pelkän raapaisun saanut ihminen tuskin sairastuisi moneen päivään. Bakteerien lisääntymistä hidastaa tehokkaasti immuunijärjestelmämme, jonka ansiosta voisimme täysin välttyä infektiolta, vaikka tartunnan saisimmekin, ja meistä voisi tulla vastustuskykyisiä kyseiselle bakteerille. 
Antibioottien keksimisestä ja kehittämisestä lähtien bakteerien on vaikeaa levitä hallitsemattomasti. Kuitenkin ajan kuluessa ja varsinkin liiallisella antibioottien käytöllä lisätään bakteerien kykyä sietää näitä myrkyllisiä yhdisteitä, mutta siihen menee kuitenkin useampi bakteerisukupolvi aikaa. Vastustuskyky antibiooteille voi kuitenkin kehittyä nopeastikin varsinkin, kun monet (tyhmät) ihmiset jättävät antibioottikuurinsa kesken heti, kun olo paranee. Luotan kuitenkin sen verran kanssaihmisiin, että uskon heidän tekevän oikean valinnan, kun toisessa vaakakupissa painaa zombius ja toisessa tarvitsee vain noudattaa lääkärin ohjeita. Esimerkiksi rutto talttuu nykypäivänä helposti yhdellä antibioottikuurilla. Terry Pratchettin ja Neil Gaimanin teosta Hyviä enteitä lainatakseni: tuomiopäivän neljästä ratsumiehestä rutto siirtyi eläkkeelle antibioottien astuttua kehiin.

(ENG) Bacteria have been a pain in our flesh for ages and are the causative agent of some dangerous and - if they remain untreated - deadly diseases, such as tuberculosis, food poisonings and meningitis. Many bacterial infections spread easily and fast as a droplet infection - especially when people don't cover their mouths while coughing and sneezing. Bacteria can also exchange genetic material with cells of their own and other species that allows them to adapt quickly to changing environmental conditions. Bacteria could therefore easily cause an outbreak of zombism.
Or could they after all? Bacteria need time to grow in numbers to cause a massive infection. Surely a zombie bite could transmit large numbers of germs at once but a mere scratch would hardly make anyone ill in an instant. Bacterial growth in our bodies is actively prohibited by our immune system, which makes it possible for our bodies to avoid an infection completely even if we get the bastard in our system and we may become resistant against a specific bacterium. 
Ever since the discovery and further development of antibiotics (starting with penicillin),  bacteria cannot easily cause a massive and uncontrollable outbreak. Along time and with excessive use of antibiotics bacteria do develop resistance to the toxic compounds but it takes more than a few bacterial generations. However, people being the way they are, resistance might be acquired faster than it should because of the excessive use of antibiotics these days and with many (stupid) people skipping the rest of the treatment after they start feeling better. I have enough trust in fellow human beings that in the face of either becoming a zombie or taking your medicine as the doctor told you would be enough motivation for most. After all, plague is blight no more in the age of modern medicine. Quoting Terry Pratchett and Neil Gaiman's masterpiece Good Omens the nice and accurate prophecies of Agnes Nutter: Of the four horsemen of Apocalypse, Plague retired after the discovery of antibiotics.

keskiviikko 13. kesäkuuta 2012

Tiede tappoi zombit 1: Arkit, sienet ja loiset / Science killed zombies 1: Archaea, fungi and parasites of all sorts

Music for a light night / vaalean kesäillan ratoksi: Scooter - Giant's Causeway

(FIN) Arkit ovat bakteerien kaltaisia tumattomia eliöitä, jotka tunnetaan vielä suhteellisen huonosti. Yksi tärkeimmistä syistä tähän on, että niiden joukosta ei ole tähän mennessä löydetty ihmisille tai muille eliöille patogeenisia/tautia-aiheuttavia lajeja, joten niitä ei ole tutkittu niin ahkerasti kuin muita mikrobeja ja ovat siksi huono kandidaatti zombiuden aiheuttajiksi. Ne eroavat kuitenkin kaikista muista eliöistä: niillä voi olla esimerkiksi yksöiskalvo solujensa rajana (Wikipedia kertoo vähän jotain englanniksi) ja lisäksi muita ainutlaatuisia piirteitä (mm. Jarrell et al. 2011 Microbiology 157: 919-936 on ihan pätevä kokooma-artikkeli arkeista).
Sienistä – joita ovat rihmasienet, hiivat ja homeet – tunnetaan useita taudinaiheuttajia, kuten jalkasieni. Monet sienet myös tuottavat erilaisia myrkyllisiä tai muuten haitallisia yhdisteitä (toksiineja) tai aiheuttavat suoraan tulehduksia. Nämä ongelmat esiintyvät kuitenkin pääasiassa elimistön pinnalla, minkä vuoksi ne eivät sovi zombiuden aiheuttajaksi. Toisaalta kuolleessa orgaanisessa materiaalissa, kuten karikkeessa, sienet kasvavat ja levittäytyvät onnistuneesti – miksei siis myös kuolleessa ruumiissa. Lisäksi jotkin hiivat voivat olla erittäin pienisoluisia, jolloin ne voisivat mahtua soluväleistä verenkiertoon ja toisin päin. Kuitenkaan mitkään aitotumalliset solut eivät ole riittävän pieniä tunkeutumaan veri-aivoesteen läpi aivoihin, jossa ne voisivat aiheuttaa zombimaisen käytöksen.
Erilaisia loisia esiintyy kaikilla eliöillä – viruksetkin ovat vain soluloisia, mutta niistä enemmän myöhemmin – ja suurin osa loisista on yksisoluisia, alhaisen kehitysasteen eliöitä. Monisoluisiakin on, kuten sukkulamadot ja humalanvieras. Ihmisen loiset asettuvat useimmiten ruoansulatuskanavaan, mutta esim. täit viihtyvät pinnalla. Monet loiset osaavat myös vaeltaa kehon eri osiin, kuten kalan silmässä elävät madot. Jotkin loiset muokkaavat isäntä-eliön käytöstä, mikä voisi johtaa aivoja hamuavaan zombiin. Sikiö, jota voidaan pitää äidin elimistön loisena, tuottaa hormoneja, joilla se viestittää immuunipuolustukselle olevansa ”harmiton”, jotta sitä ei tuhottaisi. On kuitenkin loisen tahto, että isäntäeliö selviää hengissä, sillä muuten myös loinen kuolee, joten loisetkaan eivät ole pätevä kandidaatti zombiuden aiheuttajiksi.

(ENG) Archaea are very similar to bacteria in size and cell structure but in many ways very different. There are no species among the Archaea that are known to be pathogenic to people or other organisms, which is one of the biggest reasons why we still know fairly little about them. As such, they are not suitable candidates to cause zombism. However, they differ from all other lifeforms e.g. in the structure of their cell membrane (lipid monolayer, some more information though not very much at Wikipedia) and they also have other unique features (Jarrell et al. 2011 Microbiology 157: 919-936 is a fairly good and new review article on Archaea).
Fungi – including mushrooms, yeasts and molds – have many pathogenic species among them, e.g. athlete's foot. Many fungi also produce harmful compounds or toxins or cause infections. However, fungus-related disease and problems most often occur on the surface of the body, which makes them less likely to cause zombism. On the other hand, fungi are important decomposers of dead organic matter such as litter and spread easily in it so why not in a dead body. Some yeasts can have extremely small cells (for an eukaryon) which could make it possible for them to move between blood vessels and tissue/cells, but no eukaryotic cell is small enough to pass the blood brain barrier to cause zombism related changes in the brain.
All living things have parasites of some sort – viruses count as cell parasites, but more about them later – and a vast majority of parasites are unicellular, low level (not highly developed) organisms. There are also multicellular and even quite high organisms that are parasitic like some worms and ticks. Human parasites mostly inhabit the gut but some also like the surface – like blood-sucking lice. However, many parasites can wonder around the body, like fish eye parasites from gut to eyes, and often also alter the behaviour of the host, which would make them potential causative agent for zombism. A fetus – parasite in the future mother's body – secretes hormones to tell the immune system of its host that it is “harmless” in order not to be killed. However, parasites could not cause zombism because their aim is to keep the host alive to be able to live themselves as well.