keskiviikko 13. kesäkuuta 2012

Tiede tappoi zombit 1: Arkit, sienet ja loiset / Science killed zombies 1: Archaea, fungi and parasites of all sorts

Music for a light night / vaalean kesäillan ratoksi: Scooter - Giant's Causeway

(FIN) Arkit ovat bakteerien kaltaisia tumattomia eliöitä, jotka tunnetaan vielä suhteellisen huonosti. Yksi tärkeimmistä syistä tähän on, että niiden joukosta ei ole tähän mennessä löydetty ihmisille tai muille eliöille patogeenisia/tautia-aiheuttavia lajeja, joten niitä ei ole tutkittu niin ahkerasti kuin muita mikrobeja ja ovat siksi huono kandidaatti zombiuden aiheuttajiksi. Ne eroavat kuitenkin kaikista muista eliöistä: niillä voi olla esimerkiksi yksöiskalvo solujensa rajana (Wikipedia kertoo vähän jotain englanniksi) ja lisäksi muita ainutlaatuisia piirteitä (mm. Jarrell et al. 2011 Microbiology 157: 919-936 on ihan pätevä kokooma-artikkeli arkeista).
Sienistä – joita ovat rihmasienet, hiivat ja homeet – tunnetaan useita taudinaiheuttajia, kuten jalkasieni. Monet sienet myös tuottavat erilaisia myrkyllisiä tai muuten haitallisia yhdisteitä (toksiineja) tai aiheuttavat suoraan tulehduksia. Nämä ongelmat esiintyvät kuitenkin pääasiassa elimistön pinnalla, minkä vuoksi ne eivät sovi zombiuden aiheuttajaksi. Toisaalta kuolleessa orgaanisessa materiaalissa, kuten karikkeessa, sienet kasvavat ja levittäytyvät onnistuneesti – miksei siis myös kuolleessa ruumiissa. Lisäksi jotkin hiivat voivat olla erittäin pienisoluisia, jolloin ne voisivat mahtua soluväleistä verenkiertoon ja toisin päin. Kuitenkaan mitkään aitotumalliset solut eivät ole riittävän pieniä tunkeutumaan veri-aivoesteen läpi aivoihin, jossa ne voisivat aiheuttaa zombimaisen käytöksen.
Erilaisia loisia esiintyy kaikilla eliöillä – viruksetkin ovat vain soluloisia, mutta niistä enemmän myöhemmin – ja suurin osa loisista on yksisoluisia, alhaisen kehitysasteen eliöitä. Monisoluisiakin on, kuten sukkulamadot ja humalanvieras. Ihmisen loiset asettuvat useimmiten ruoansulatuskanavaan, mutta esim. täit viihtyvät pinnalla. Monet loiset osaavat myös vaeltaa kehon eri osiin, kuten kalan silmässä elävät madot. Jotkin loiset muokkaavat isäntä-eliön käytöstä, mikä voisi johtaa aivoja hamuavaan zombiin. Sikiö, jota voidaan pitää äidin elimistön loisena, tuottaa hormoneja, joilla se viestittää immuunipuolustukselle olevansa ”harmiton”, jotta sitä ei tuhottaisi. On kuitenkin loisen tahto, että isäntäeliö selviää hengissä, sillä muuten myös loinen kuolee, joten loisetkaan eivät ole pätevä kandidaatti zombiuden aiheuttajiksi.

(ENG) Archaea are very similar to bacteria in size and cell structure but in many ways very different. There are no species among the Archaea that are known to be pathogenic to people or other organisms, which is one of the biggest reasons why we still know fairly little about them. As such, they are not suitable candidates to cause zombism. However, they differ from all other lifeforms e.g. in the structure of their cell membrane (lipid monolayer, some more information though not very much at Wikipedia) and they also have other unique features (Jarrell et al. 2011 Microbiology 157: 919-936 is a fairly good and new review article on Archaea).
Fungi – including mushrooms, yeasts and molds – have many pathogenic species among them, e.g. athlete's foot. Many fungi also produce harmful compounds or toxins or cause infections. However, fungus-related disease and problems most often occur on the surface of the body, which makes them less likely to cause zombism. On the other hand, fungi are important decomposers of dead organic matter such as litter and spread easily in it so why not in a dead body. Some yeasts can have extremely small cells (for an eukaryon) which could make it possible for them to move between blood vessels and tissue/cells, but no eukaryotic cell is small enough to pass the blood brain barrier to cause zombism related changes in the brain.
All living things have parasites of some sort – viruses count as cell parasites, but more about them later – and a vast majority of parasites are unicellular, low level (not highly developed) organisms. There are also multicellular and even quite high organisms that are parasitic like some worms and ticks. Human parasites mostly inhabit the gut but some also like the surface – like blood-sucking lice. However, many parasites can wonder around the body, like fish eye parasites from gut to eyes, and often also alter the behaviour of the host, which would make them potential causative agent for zombism. A fetus – parasite in the future mother's body – secretes hormones to tell the immune system of its host that it is “harmless” in order not to be killed. However, parasites could not cause zombism because their aim is to keep the host alive to be able to live themselves as well. 
 

maanantai 21. marraskuuta 2011

Tietoa tulevista zombipäivityksistä / Information on the coming zombie posts

Now playing / taustalla soi:  Ladytron - Destroy Everything You Touch

(FIN) Vaikka zombit eivät ole todellisia, olen pohtinut mikä zombiutta voisi aiheuttaa ja toisaalta miksi vallalla oleva virusteoria ei ole minusta pätevä. Aion kirjoituksissani keskittyä ainoastaan eläviin kuolleisiin zombeihin. Zombius ei ole sellaista alkujaan, vaan sen juuret ovat voodoossa. Halukkaat voivat lukea lisää esimerkiksi wikipediasta, mutta suosittelen englanninkielistä versiota monipuolisuutensa takia.
Minun zombini ovat hitaita ja möriseviä ja tahtovat syödä toiset ihmiset (ja miksei myös muut eläimet) elävältä. Niiden puremasta saa tartunnan, joka nopeuttaa kuolemaa (sairastuttaa), muttei suoraan tapa. Kuoleman jälkeen henkilö muuttuu zombiksi.
Tässä lista "Tiede tappoi zombit"-aiheista:
1. Loiseliöt
2. Bakteerit
3. Virukset
4. Prionit
5. Yleistä zombeista

(ENG) Even though zombies aren't real, I've spent some time pondering how it could be possible and why the leading theory of viruses doesn't get my vote. In my zombie posts I will focus solely on the living dead zombies even though the origin of zombies is in voodoo. If you're interested to know more, refer to Wikipedia or some other source.
Zombies as I see them are slow and growling, interested only in eating other people (or why the heck not other animals as well) alive. You get infected from their bite, which facilitates death (makes you sick) but doesn't kill you straight away. After their death, infected people become zombies.
Here's a list of the "Science killed zombies" topics:
1. Parasitic organisms
2. Bacteria
3. Viruses
4. Prions
5. General about zombies

sunnuntai 20. marraskuuta 2011

Ihka ensimmäinen kirjoitus / THE 1st post

Now playing / päässä tai muuten vaan soi: The Pimps - Rocket Science

(FIN) En haluaisi aloittaa liian kornisti. Se on vain tullut tavaksi. Tämä blogi ei ole varsinaisesti tiedettä eikä mielipiteitä, mutta sisältää molempia. Aion käsitellä joitain absurdeja fantasiaan ym. asioihin liittyviä aiheita tieteen näkökulmasta. Kirjoitan (aina?) sekä suomeksi että englanniksi, koska niin saan pidettyä ajatukseni paremmin koossa ja ehkä auttaa aiheista kiinnostuneita itsenäisessä tiedonetsinnässä.
Ensimmäisenä aiheena tulee olemaan zombit. Syynä on osittain se, että mietin jo viime kesänä olisiko minun pitänyt osallistua Ropeconiin (vuotuinen fantasia-/peli-/yms. aiheinen tapahtuma) ja pitää siellä esitelmä otsikolla ”Tiede tappoi zombit”. Olin suunnitellut esittäväni tieteen tukeman mielipiteeni siitä, miksi tai miksei zombius voisi olla viruksen, bakteerin, sienen, muun loiseliön tai prionien aiheuttamaa. Olin kuitenkin monin tavoin estynyt osallistumaan (varsinkin helle imi hermosoluja kuiviin).
Loin tämän blogin, että edes jossain saisin omalla ajallani ja omalla tavallani ilmaistua tieteellisen mielipiteeni zombeista ja myöhemmin muistakin aiheista. Lisäksi gradun aloitus jotenkin vaan onnistui sekoittamaan koko elämäni viime viikolla ja ehkä tämän avulla saan kerättyä henkisen itseni viimeiset pirstaleet ennen takaisin labraan astumista.

(ENG) I don't want to start off too corny. It's just a bad habit. This blog is not fully science or opinions, but I use them both. My goal is to scientifically tackle subjects that are somewhat absurd and found in fantasy or other less real genres. I write both in Finnish and in English (all the time?) in order to keep my thoughts clearer and also to help those who wish to find out more about the subjects by themselves.
My first battle is against zombies. The reason being, that I had planned to participate in last summer's Ropecon (an annual roleplaying/game/etc. convention) and hold a presentation called "Science killed zombies". I had planned to express my somewhat scientific opinion why zombism could or could not be caused by viruses, bacteria, fungi, other parasitic organisms or prions. Eventually, there were several reasons for me to not go (one of the greatest being the infamous heat wave which turned my brain into mush).
I created this blog so that there's at least one place where I can express myself and my scientific opinions on zombies and whatnot whenever I have the time and energy to do so. Also, I just started the lab work for my master's thesis last week and I'm still gathering the pieces of myself. Things are a bit of a mess in my head right now but perhaps with this blog my life as a scientist won't end quite so soon.